Kunjungan Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Cilacap Bapak Drs. Mughni Labib, MSI pada hari Rabu, 13 Februari 2013 dalam rangka Supervisi dan Monitoring pelaksanaan Rehabilitasi Ruang Kelas Madrasah Ibtidaiyah Tahun 2012. Pada tahun 2012 MI Ya BAKII Kalisabuk 02 mendapat alokasi dana rehab berat untuk 1 (satu) ruang.
Kegiatan ini dimulai sejak tanggal 4 Desember 2012 dan selesai pada tanggal 11 Februari 2013. Ruang yang mendapatkan rehabilitasi adalah ruang yang kondisinya memang sudah parah dan apabila dibiarkan akan berdampak membahayakan bagi siswa dan guru sebagai warga belajar. Ruang tersebut berlokasi di gedung selatan atau gedung II tepatnya ruang kelas III.A. Setelah ruang tersebut jadi, maka penempatannya digunakan untuk ruang kelas V.A
Pada kesempatan itu Bapak. Drs. Mughni Labib, MSI menyampaikan agar ruang kelas yang direhab akan lebih bermanfaat dan dapat memacu semangat siswa untuk belajar dan guru untuk mengajar. Di samping itu juga sebagai daya tarik bagi masyarakat sekitar untuk menempatkan putra-putrinya menimba ilmu di MI Ya BAKII Kalisabuk 02.
MI Ya BAKII Kalisabuk 02 memiliki ruang sejumlah 15 ruang, dengan perincian
1. Ruang Belajar/Kelas = 10 ruang dengan kondisi baik
2. Ruang Kepala Madrasah = 1 ruang
3. Ruang Guru = 1 ruang (merangkap ruang perpustakaan)
4. Ruang Laborat Komputer = 1 ruang
5. Ruang UKS = 1 ruang
6. Gudang = 1 ruang
Sedangkan jumlah rombongan belajar siswa ada 12 rombongan belajar yang terdiri dari 2 rombel setiap kelasnya. Dengan demikian kekurangan ruang belajar sebanyak 2 (dua) ruang.
